南京中醫藥大學自建校之初就開展外國留學生教育，在校留學生數一直位居江蘇省內各高校前列。 1994年與澳大利亞墨爾本皇家理工大學合作開辦中醫學專業，首開我國與西方正規大學合作開展中醫學曆教育之先河。目前學校與世界五大洲90多個國家和地區有著廣泛的交流，並與世界30多個國家和地區的政府、高等院校或學術團體及機構建立了友好合作關係。學校每年都有大批專家、學者應邀赴境外講學、考察和進行科學研究，通過國際交流，弘揚中醫藥事業，擴大中醫藥在國際上的影響。美國唐氏工業基金會及香港朱敬文教育基金會在學校設立了獎、助學金，資助中醫藥高等教育。香港念慈庵獎教金及美國施祖谷獎教金也先後在該校建立。
南京中醫藥大學校徽
整個校徽為近似橢圓圖形，底色藍色，象徵地球與海洋，圖形下方是一隻飛翔的和平鴿口銜人參草和針灸針環抱著上方的地球，圖形上端外緣是大寫的英文校名“NANJING UNIVERSITY OF TRADITIONAL CHINESE MEDICINE"。
標誌的整體寓意為：以德行和智慧培育英才，以醫者仁心包容世界，以中國醫藥造福人類。
經過“十五”的努力與發展，該校辦學結構調整和辦學規模擴大取得階段性重大進展，辦學活力顯著增強，綜合辦學實力明顯提升。面向“十一五”，該校將繼續傳承並進一步昇華五十年辦學優良傳統和作風，不斷堅定既定辦學定位與發展目標，大力實施創新創優戰略、品質立校戰略、科學主體戰略、科技興校戰略、人才強校戰略、國際合作戰略及社會服務戰略，進一步深化內涵建設，著力提升辦學品質，通過辦學規模、結構、品質、效益協調發展，努力使學校成為具有研究教學型特質的“國際著名，國內一流”中醫藥大學，努力躋身全國具有特色的重點大學行列。
